Создан прототип биологического компьютера

61a8047fdf0b2ad7 Создан прототип биологического компьютераАмериканским учёным удалось показать, что для сложнейших расчётов не обязательно иметь суперкомпьютер – вместо этого можно обойтись пробиркой с бактериями. Предварительные результаты эксперимента по созданию прототипа биологического вычислительного устройства на основе ДНК живых микроорганизмов были опубликованы в Journal of Biological Engineering. О способности ДНК хранить и обрабатывать информацию известно давно: генетики подсчитали, что в одной цепочке молекулы может храниться такой же объём данных, как в 1000 книгах по 500 страниц в каждой. Естественно, перед исследователями встал вопрос о возможности использования этого уникального ресурса: соответствующие разработки проводятся более 10 лет. В частности, мы уже писали о клетках с искусственной генетической памятью и о синтетической биологии, которая занимается в том числе программированием генетических свойств микроорганизмов. Группе учёных из колледжа Дэвидсона (Davidson College) и университета Миссури (Missouri Western State University) под руководством Кармэллы Хейнес5bd6e757cf7fe13b Создан прототип биологического компьютера (Karmella Haynes) впервые удалось не в теории, а на практике продемонстрировать вычислительные возможности ДНК на примере бактерий E. сoli. Исследователи использовали уже упомянутый принцип – способность цепочки нуклеотидов обрабатывать большие массивы данных. Для большей наглядности они обратились к известной в математике и вычислительной технике задачке о подгоревших блинах, оптимальное решение которой в далёком 1979 году опубликовал – да-да – сам Билл Гейтс.

Суть задачки очень проста: в её классическом варианте необходимо за минимальное количество переворачиваний расположить блины разного диаметра в наиболее устойчивом порядке. Заметьте: только переворачивать – не перекладывать! В приведённом на иллюстрации простейшем примере оптимальное решение достигается за два «оборота». Подгоревшие блины – более «продвинутая» версия, где сортировку необходимо провести так, чтобы все блины в итоге лежали не только устойчиво, но ещё и подгоревшей стороной вниз.

Итак, смысл задачи о подгоревших блинах состоит в поиске минимального9147095f7c45479e Создан прототип биологического компьютера числа перестановок. На самом деле эта «незатейливая» головоломка из комбинаторики демонстрирует одну из основных функций, которую выполняют компьютеры, – обработку больших массивов информации с помощью перестановки (транспонирования) порций данных (chunks of data). Аналогичный эффект удалось реализовать доктору Хейнес и её коллегам – путём комбинирования различных генов и их перестановки. В ходе эксперимента отдельные участки ДНК играли роль блинов. С помощью специально добавленного фермента экспериментаторы добились возможности влиять на перестановку этих участков в зависимости от реакции на антибиотик тетрациклин.

Бактерии E.сoli не обладают собственной системой рекомбинации генов, но являются детально изученными и хорошо понятными объектами для наблюдения. В связи с этим исследователи сделали им upgrade, снабдив клеточным механизмом управления ДНК – ферментом Hin рекомбиназа. При определённом расположении и ориентации «включалась» устойчивость к раздражителю.Но самое главное: учёным удалось расположить «вставки»c03258e72341d903 Создан прототип биологического компьютера таким образом, что активность гена, ответственного за устойчивость к антибиотику, проявлялась только тогда, когда все блоки ДНК выстраивались в заданной последовательности. При этом количество рекомбинаций, необходимых бактериям для формирования устойчивости, равнозначно минимальному числу переворотов подгоревших блинов, которые необходимо сделать согласно условию приведённой выше задачки. По словам авторов исследования, аналогичные вычисления в чашке Петри, содержащей миллиарды микроорганизмов, теоретически позволят запустить настоящий вычислительный симбиоз: ведь каждая бактерия в данном случае – прототип биологического компьютера. Учитывая количество генов в геноме любого живого организма, гипотетическая производительность такой «вычислительной системы» может приблизиться к мощнейшим из существующих ныне машин или даже превзойти их. Впрочем, пока об этом речи не идёт: по словам американцев, они пока проводят лишь теоретическое расчёты для эксперимента с большим количеством «раздражителей», влияющих на рекомбинацию ДНК.